Calixtlahuaca es una palabra de origen náhuatl, donde calli significa casa, e ixtlahuatl tiene el sentido de llanura, por lo que se puede traducir como casas en la llanura. Las primeras excavaciones arqueológicas en la zona de Calixtlahuaca fueron realizadas por García Payón en 1932, quien restauró y habilitó los conjuntos arquitectónicos que conforman dicho asentamiento precolombino, entre ellos el Edificio III.
En 1933 Eduardo Noguera realizó algunas intervenciones para que posteriormente, en 1940 llevaran a cabo investigaciones arqueológicas por parte de Romero.
En la época prehispánica en el valle de Toluca, se asentaron otomíes, teotihuacanos, toltecas, mazahuas, matlatzincas y nahuas. En el Período Preclásico (1200 a. C. al 150 d.C.), la ocupación en el valle de Toluca y Calixtlahuaca, fue por grupos organizados, compartiendo la influencia olmeca. En el Período Clásico a partir del 250 d. C. los teotihuacanos llegaron al valle de Toluca el cual ofrecía diversidad de elementos naturales para la subsistencia.
Los teotihuacanos introdujeron costumbres y ritos como el juego de pelota, el culto a Quetzalcóatl y a Tláloc. En Calixtlahuaca, los conjuntos El Panteón, Tláloc y Ehécatl Quetzalcóatl, se construyeron con base a un eje de sur a norte.
Al caer Teotihuacán, en Calixtlahuaca hubo intromisión tolteca, después fue habitada por los matlatzincas –los nepinthathuhui los de la tierra del maíz-, más tarde se les llamó los hombres de la red, su apogeo fue entre los años de 1116 a 1474 d. C.
Entre 1471 y 1476 d. C. los mexicas al frente de Axayácatl y la Triple Alianza conquistaron a los matlatzincas, con Moctezuma Xocoyotzin, impusieron el pago de contribución, registrado en la Matrícula de Tributos. Monumento 3 o Templo de Ehécatl Quetzalcóatl.
Se levanta sobre una terraza, se accede por un sistema de pequeñas terrazas y una escalinata. Las etapas constructivas son: teotihuacana (250 – 650 d. C.), tolteca (900 – 1116 d. C.), matlatzinca (1116 – 1476 d. C.), mexica (1476 – 1521 d. C.).
En este templo se halló una escultura antropomorfa mexica, representando a la deidad de Ehécatl. Monumento 1. De forma casi cuadrada. Las etapas constructivas visibles pertenecen al Período Posclásico, matlatzinca (1116 d. C. al 1476 d. C.) y mexica (1476 al 1521 d. C.). Conjunto Tláloc. Formado por los monumentos 4 y 7.
El monumento 4 se localiza al poniente, al norte se encuentra el 7. Este conjunto, se construyó tomando en cuenta las formas del paisaje del valle, el cerro del Molcajete y su plataforma natural dan marco a los edificios. El Zompantli. Estructura en forma de cruz del período mexica, en la pared se introdujeron calaveras y clavos labrados en piedra. Conjunto El Panteón. Integrado por cuatro monumentos; 5, 6, el del sur y otro al poniente. Se localiza al sureste del conjunto Tláloc. En éste se inicia el eje sur-norte.
El monumento 5, es un basamento de cuatro estructuras superpuestas. La etapa teotihuacana tiene en su esquina sureste petrograbados.
El monumento 6, se encuentra al norte del patio cubierto por lajas, debajo de ellas el arqueólogo José García Payón halló entierros, denominándolo El Panteón. Monumento 16. Se encuentra en la planicie. Es un conjunto arquitectónico, rodeado de un muro,al centro sobresalen estructuras no exploradas. Conjunto 17 o Calmécac. García Payón lo identificó como Calmécac.
En la primera sección hay una gran plaza, con una plataforma monumental, se accede por tres escalinatas de anchas alfardas. El frente se limita por dos plataformas. La segunda sección, es un espacio de cuartos –con tlecuiles–, distribuidos en niveles y comunicados por escalinatas y estrechos pasillos.
Se localiza dentro de Los límites municipales de Toluca. Se llega por las carreteras 15 y 55, a solo 10 kilómetros de la ciudad. Localidad o poblado más cercano: Ejido de Nova (Barrio del Museo)del Municipio de Toluca.